Цели и задачи каждой из СЭЗ определяются в зависимости от функционального типа СЭЗ, устанавливаемого соответствующим Положением о СЭЗ. В основном это привлечение и эффективное использование иностранных и национальных инвестиций для создания и развития ориентированных на экспорт производств, основанных на современных и высоких технологиях, а также эффективное использование имеющихся производственных площадей. Тем не менее, есть и специфические цели. Например, для СЭЗ "Гомель-Ратон" – это вовлечение в производственную деятельность нетрадиционных ресурсов и источников энергии; для СЭЗ «Брест» – расширение производства потребительских товаров и услуг; для СЭЗ "Минск" – повышение загрузки аэропорта "Минск-2" и дальнейшее развитие воздушного сообщения; для СЭЗ “Витебск” и “Могилев” – развитие и обеспечение эффективного использование имеющейся инженерной и транспортной инфраструктуры, для СЭЗ “Гродноинвест” — трансформация в экономику региона передовых ресурсо- и энергосберегающих технологий.

В то же время, Положения о СЭЗ содержат нормы, ограничивающие применение льготного режима к отдельным видам хозяйственной деятельности. Так, в СЭЗ «Могилев» и «Витебск» налоговые льготы не распространяются на торговую и торгово-закупочную деятельность резидентов СЭЗ. В СЭЗ «Минск», «Гомель-Ратон», «Гродноинвест» права и льготы также не распространяются и на предприятия общественного питания. В СЭЗ «Брест» не могут быть зарегистрированы в качестве резидентов государственные предприятия, учреждения и организации энергетики, железнодорожного, воздушного и другого магистрального транспорта и связи; налоговые льготы не распространяются на деятельность, связанную с игорным бизнесом.

Кроме того, в СЭЗ «Могилев» и «Гродноинвест» специальный правовой режим распространяется исключительно на производство и реализацию экспортируемой продукции (работ, услуг), а также на производство и реализацию импортозамещающей продукции (работ, услуг) согласно перечню, утвержденному Правительством Республики Беларусь.

Статьей 7 Закона и Положениями о СЭЗ запрещены следующие виды деятельности на территории СЭЗ:

- хозяйственно-коммерческая деятельность, связанная с обеспечением охраны и обороны государства, а также с производством, переработкой, хранением и продажей оружия, боеприпасов, взрывчатых веществ;
- производство, переработка, хранение, обеззараживание, продажа опасных и радиоактивных материалов;
- производство, переработка, хранение, продажа наркотиков, наркотических и иных сильнодействующих материалов;
- производство, переработка, хранение, продажа культур, содержащих наркотические, сильнодействующие и ядовитые вещества;
- производство водки, ликера и других алкогольных напитков, за исключением шампанских, игристых, сухих, полусухих, виноградных крепленых вин, пива;
- производство табачных изделий;
- производство ценных бумаг, денежных знаков и монет, почтовых марок;
- организация лотерей, игорный бизнес;
- подготовка и трансляция радио- и телепередач, за исключением технического обслуживания типографий, радио и телевидения;
- лечение больных, страдающих опасными и особо опасными инфекциями, в том числе венерическими и заразными кожными болезнями, психическими болезнями в агрессивной форме;
- лечение животных с особо опасными болезнями;
- деятельность, связанная с вопросами внешней трудовой миграции;
- другие виды деятельности, запрещенные законодательством Республики Беларусь.

Отдельные виды деятельности могут осуществляться резидентами СЭЗ только на основании специальных разрешений (лицензий).